No contexto das hostilidades que se estabeleceram entre as potências europeias a partir de 1939, o Brasil manteve uma postura de neutralidade até agosto de 1942, quando, diante dos diversos torpedeamentos de navios mercantes brasileiros por submarinos alemães, inclusive em águas nacionais, o Brasil declarou guerra à Alemanha e à Itália. Nesse quadro, além de escoltar os navios que transportaram a Força Expedicionária Brasileira (FEB) para o front europeu, a missão da Esquadra brasileira foi, fundamentalmente, colaborar no patrulhamento do Atlântico Sul e proteger os comboios de navios mercantes que trafegavam entre o Mar do Caribe e o litoral sul brasileiro contra a ação dos submarinos e navios germânicos e italianos.

Para adequar-se à situação do conflito, foi então necessário um rápido e intenso processo de preparo de material e pessoal e, em especial, de reorganização das Forças Navais. Foi nesse quadro que se deu a criação da Força Naval do Nordeste, em outubro de 1942, cujos navios atuaram de forma conjunta com a Quarta Esquadra da Marinha dos Estados Unidos da América, constituindo sua Força-Tarefa 46.

Cumpre destacar que, por ocasião da redistribuição dos diferentes meios navais que compunham a Esquadra em pontos estratégicos do litoral brasileiro; subordinados aos diferentes Comandos Navais, criados por meio do Decreto no 10.359, de 31 de agosto de 1942, na esteira da supramencionada reorganização; o Comando em Chefe da Esquadra foi desmobilizado quando, em 30 de abril de 1943, por ocasião da ativação do Comando Naval do Centro, com sede no Rio de Janeiro, o então Contra-Almirante Durval de Oliveira Teixeira, até aquela data o Comandante em Chefe da Esquadra, foi designado Comandante Naval do Centro. Após o término da guerra, foi conferida nova organização às Forças Navais brasileiras e restabelecido o Comando em Chefe da Esquadra, sendo nomeado para o cargo o então Vice- Almirante Sylvio de Noronha.

Durante o período em que o Brasil atuou junto às forças aliadas, os navios da Marinha comboiaram 3.164 navios, entre nacionais e estrangeiros, em um total de 575 comboios. Em todo o conflito, 1456 brasileiros, entre civis e militares, perderam suas vidas no mar, sendo 982 na Marinha Mercante, dos quais 15 militares de Marinha, e outros 474 na Marinha de Guerra, entre os quais 3 civis e 2 oficiais mortos a bordo do submarino USS R-12 da Marinha dos Estados Unidos da América.